По значимости коллекции Новгородского государственного музея-заповедника занимают одно из первых мест среди собраний российских музеев. Начало формирования коллекций, вошедших позднее в состав собрания Новгородского музея-заповедника, относится к 1863 г., когда приступили к активному сбору предметов старины, образцов промышленного, сельскохозяйственного и кустарного производства. Собранные материалы были размещены на квартире Николая Гавриловича Богословского, священника, будущего основателя музея древностей Новгорода. Среди поступающих предметов были археологические памятники, предметы нумизматики, документальный архив графа А.А. Аракчеева, церковная утварь из храмов Новгородской губернии.

После официального основания музея в 1865 г. комплектование  музейных коллекций  приобрело более интенсивный характер за счет пожертвований и закупок, но пополнение коллекций не имело принципиальной направленности, в коллекции попадали случайные вещи, полезные ископаемые, минералы, этнографические предметы. Все предметы поступали в экспозиции, запасников и фондохранилищ не было.

Важным этапом в комплектовании коллекций Новгородского музея являются 1920-е годы, время упразднения церквей и монастырей. Экспедиции в уезды губернии, обследование дворянских усадеб, храмов, национализированный частный музей краеведа В.С. Передольского значительно пополнили фонды музея.

С 1932 года началось ежегодное археологическое изучение Новгорода, что способствовало систематическому комплектованию археологических коллекций. Перед началом Великой Отечественной войны в состав коллекций музея было включено около 140 тысяч музейных предметов, в августе 1941 началась эвакуация музейных ценностей. Судьба оставшейся в оккупированном Новгороде части музейного собрания окончательно неизвестна.

В годы Великой Отечественной войны музей понес невосполнимые утраты, коллекции музея сильно пострадали. С 1950-х гг. возобновилось пополнение фондовых коллекций.

В настоящее время разнохарактерные собрания Новгородского музея-заповедника насчитывают свыше 800 тысяч памятников истории, культуры и  искусства. Это археологические и архитектурно-археологические коллекции, собрание нумизматики, сфрагистики и геральдики, рукописных и старопечатных книг XV-XVIII вв.,  документальные фонды XII -XIX вв., в которые входят уникальные княжеские грамоты XII в., собрания русской живописи, графики и скульптуры XVIII-XX вв., оружия, фарфора, стекла, обширные этнографические коллекции.

Особое место занимают коллекции древнерусской живописи и скульптуры XI-XIX вв., произведений декоративно прикладного искусства V-XIX вв., памятников древнерусского лицевого и орнаментального шитья XII-XVII вв., часть из  которых принадлежит к подлинным шедеврам национального искусства.

Новгородский музей-заповедник и сегодня продолжает целенаправленное и систематическое пополнение своего собрания за счет  даров,  деятельности и передач коллекций, найденных при археологических исследованиях.

Значительная часть  коллекций входит в состав  постоянных экспозиций, а также успешно экспонируется на временных выставках Новгородского музея-заповедника и его филиалов.