Фонд древнерусской живописи и резного дерева насчитывает 1890 единиц хранения основного фонда и 303 – научно-вспомогательного фонда.

Собрание икон XI – начала XX века
Уникальное собрание русской иконописи Новгородского музея-заповедника включает более 1500 икон XI – начала XX в. Его основу составляют произведения, созданные в ведущих мастерских Новгорода для главных монастырей и храмов города и его окрестностей.
Наиболее ценные памятники собрания Новгородского музея представлены в экспозиции «Русская икона XI – XIX веков», включающей в свой состав более 260 произведений. В их числе древнейший памятник собрания – икона «Апостолы Петр и Павел» середины XI столетия из Софийского собора, образ св. Николая Чудотворца 1294 г. мастера Алексы Петрова из церкви Николы на Липне, иконы праздничного чина главного иконостаса Софийского собора, созданные ок. 1341 г., «Свв. Борис и Глеб» последней трети XIV в. из церкви Свв. Бориса и Глеба в Плотниках, «Покров Богоматери» конца XIV в. из Зверина монастыря, «Битва новгородцев с суздальцами» (Чудо от иконы «Богоматерь Знамение») из церкви Св. Николы Кочанова, иконы праздничного чина церкви Успения на Волотовом поле середины-второй половины XV столетия и двусторонние иконы-святцы (так называемые «таблетки» конца XV в. из Софийского собора.
Среди памятников XVI столетия, отличающихся особым многообразием, выделяются два наиболее значительных живописных ансамбля – комплексы икон из иконостасов церкви Апостолов Петра и Павла в Кожевниках и собора Рождества Богоматери Антониева монастыря, иконы «св. Феодор Стратилат, с житием» из церкви Св. Феодора Стратилата на Ручью, «Преображение» из церкви Спаса Преображения на Нередице, «Видение пономаря Тарасия» из Спасо-Преображенского собора Хутынского монастыря.
Многочисленную группу образуют памятники XVII в., выполненные, как правило, в соответствии с традициями искусства предшествующего столетия – характерным примером является образ свв. братьев Алфановых, Сокольницких чудотворцев, созданный в 1701 г. для новгородского Сокольницкого монастыря. Значительная часть собрания икон, созданных на протяжении XVIII – начала XX в., хранится в настоящее время в фондах музея.
Кроме новгородских памятников, дающих наиболее ясное представление о своеобразии иконописи одного из крупнейших художественных центров Древней Руси, в собрании представлены произведения, созданные в Москве, Пскове, Тихвине, Вологде и Ярославле, что помогает ярче выявить не только стилистическое своеобразие живописи Новгорода, но и сложные взаимовлияния искусства различных художественных центров.

Коллекция «Резное дерево» насчитывает более 300 памятников и включает в свой состав монументальные поклонные кресты, скульптурные изображения святых, резные царские врата и детали иконостасов. Около двух десятков произведений относятся к древнерусскому периоду, большая часть представленных в собрании памятников создана на протяжении XVIII-XIX вв.
Наиболее древние и значимые произведения собрания экспонируются на выставке «Резное дерево XIV – XVII вв.». В их числе уникальный Людогощенский крест 1359 г. мастера Якова Федосова, монументальный крест Саввы Вишерского конца XV – начала XVI в., отличающийся особой выразительностью образного и художественного строя крест первой половины XVI в. из Воскресенского монастыря на Красном поле, крест 1532 г. мастера Стефана Романовича, скульптурные изображения святых Николы Можайского конца XV – начала XVI в., Параскевы Пятницы и Варлаама Хутынского середины XVI столетия, резная икона «Богоматерь Знамение» конца XVI – начала XVII в., а также царские врата XV-XVII вв.
Среди памятников, находящихся в фондах, особый интерес представляют царские врата первой половины XVI в. из Софийского собора (?) и церкви Спаса Преображения на Нередице, стенка раки архиепископа Иоанна 1559 г., резные тябла иконостаса XVI в. из собора Рождества Богородицы Антониева монастыря, царские врата XVII в. из церкви Рождества Богоматери на Молоткове, резной шкаф для хранения церковной утвари XIX в. из Боровичей.