Археологические древности экспонировались в Новгородском музее с момента его осно­вания в 1865 г. С этого же времени началось формирование фонда археологических коллекций, основой которых стали случайные находки и материалы археологических раскопок, проводив­шихся на террито­рии Новгородской губернии в период последней трети XIX – нач. ХХ в. В 1930-е гг. в музей поступил ряд коллекций из исследованных памятников новгородской округи, а также, с началом си­стематических раскопок в Новгороде, и с городских раскопов. Непоправи­мый ущерб музейным коллекциям нанесло военное лихолетье. Многие предметы были безвоз­вратно утрачены. Восстановление и систематическое пополнение фонда археологических кол­лекций началось в послевоенный период с возобновлением археологических исследований в Новгороде и Прииль­менье. Этот процесс продолжается и по сей день.

В настоящее время фонд археологических коллекций Новгородского музея-заповедника является одним из круп­нейших в России. По состоянию на 2010 год, в нем насчитывалось около 190000 единиц хране­ния. Археологические экспедиции, проводящие полевые исследования на территории Новго­родской земли, ежегодно передают в музей сотни артефактов, относящихся к различным исто­рическим периодам  –  от каменного века до позднего средневековья.

Особое место занимают коллекции, полученные в ходе изучения культурных напластова­ний Великого Новгорода и Старой Руссы. Культурный слой этих городов сохранил для нас не только предметы из металла, камня, стекла и керамики, встречающиеся при раскопках большинства археологических памятников древнерусской эпохи, но и вещи из органических ма­териалов: дерева, кости, кожи, текстиля. Наряду с особыми методами консервации и реставра­ции, такие находки требуют и специальных условий хранения. Отдельно нужно сказать о бере­стяных грамотах – уникальной категории археологических источников. В Новгородском музее хранится 765 берестяных документов. Еще одним выдающимся экспонатом является так назы­ваемая Новгородская псалтирь, написанная на трех деревянных дощечках (це­рах), залитых воском и содержавших тексты трех псалмов – 75-го, 76-го и 67-го. Это древней­шая русская кни­га, датируемая первой четвертью ХI века.

Фонд археологических коллекций Новгородского музея – не только место хранения важ­нейших археологических источников, но и центр их изучения. Ежегодно фонд посещают отече­ственные и зарубежные исследователи: археологи, филологи, сотрудники музеев, аспиранты и студенты.