Книжное  собрание  Новгородского   музея  отсчитывает  свою  историю с 1865 года. Именно в этом году  был основан  Музей  древностей, ныне  именуемый  Новгородский  государственный  объединённый  музей - заповедник. Значительную роль в формировании книжного фонда в конце XIX - начале XX вв. сыграла деятельность Новгородского губернского статистического комитета, Новгородского общества любителей древности, Новгородского церковно-археологического общества. После революции 1917 года в музейную библиотеку поступили национализированные книжные собрания помещичьих усадеб, монастырских и церковных библиотек, коллекции известных краеведов, библиотеки учебных заведений.

Непросто  складывалась  судьба  этого  уникального  книжного  собрания. За  истекшие  146  лет были и  благоприятные  периоды  его формирования,  и  достаточно  драматические  события,  связанные  с  потерей коллекций.  Так,  во  время  Великой  Отечественной  войны  гитлеровцы, оккупировавшие  Новгород,  вывезли  более  20 тысяч  рукописных и старопечатных книг, а также другие редкие  издания, большая часть которых не  вернулась в музей.

В настоящее время научная библиотека насчитывает около 80 тысяч единиц хранения. В состав фонда входят  издания XIX - XXI вв. по русской и зарубежной истории, вспомогательным историческим дисциплинам, археологии, этнографии, религии, русскому и зарубежному искусству, лингвистике и литературоведению, краеведению, музееведению, фольклору. Библиотечный фонд формируется путем приобретения изданий на отечественном рынке и по российскому книгообмену. Значительная часть изданий принята библиотекой в дар. Ежегодно фонд библиотеки пополняется более чем на 1,3 тысяч изданий. Систематически оформляются выставки новых поступлений. Библиотека выписывает 72 наименования журналов и газет по профилю деятельности музея.

В 2002 году в научной библиотеке была установлена автоматизированная информационно-поисковая система. Все новые поступления, а также ретроспективная часть фонда включены в электронный каталог.

В 80-е годы XX века музейная библиотека послужила основой для выделения из её состава фонда редкой книги. На сегодняшний день он насчитывает более 17 тысяч единиц хранения. В фонд редкой книги вошли издания с 1825 года и до настоящего времени. Фонд редкой книги включает в себя книжные памятники, связанные с Новгородской историей и культурой, книги и периодическую печать по профилю музея, факсимильные издания, книги, являющиеся образцами книжного искусства и др.

Фондообразующими являются коллекции новгородских учреждений и частных лиц дореволюционного периода: коллекция  Новгородского  общества  любителей  древности; Новгородского церковно-археологического общества; коллекция  Арсения, архиепископа  Новгородского и Старорусского; коллекции книг из  библиотек краеведов  В.С. и В.В. Передольских; князей  Васильчиковых;  помещиков  Аничковых; краеведа В.П. Ласковского, политического деятеля М.В. Родзянко.

В собрание редких книг входят монастырские и церковные библиотеки, библиотеки учебных заведений, издания периода Великой Отечественной войны, собрания календарей и учебников. Особую ценность собранию редких книг придает наличие в изданиях экслибрисов, владельческих и дарственных надписей.